柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)随后又发生了杀人事件。杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶的柯南一行人陷入了危险之中。《通往天国的倒计时名侦探柯南剧场版第5部》故事主线却是相当成熟的，动漫以穿越时空为核心，整体充满了童真和童趣，配音充沛有张力，影片的设计相当真实。画风栩栩如生，角色设计创意令人惊叹，剧情处处发散出幽默感，特效创意无比，又充满想象力，是一部有着童话般纯真美好的动画片。