肖恩·墨菲（Shaun Murhy）医生在经历了与卡莉（Carly）的第一次灾难性约会后，提出了一项大胆的手术提案，以此来挽救新婚妇女的性命同时，摩根·雷兹尼克（Morgan Reznick）医生和亚历克斯·帕克（Alex Park）医生开始争夺对被诊断患有癌症的老年患者进行手术的机会。马库斯·安德鲁斯（Marcus Andrews）医生提出要帮助一名在阻止性侵犯时受伤的撒玛利亚人。当一位年轻患者的父母怀疑尼尔·梅伦德斯（Neil Melendez）医生犯了一个错误时，奥德利·林（Audrey Lim）医生需要面临一个艰难的选择。克莱尔·布朗（Claire Browne）医师在准备进行首次手术时，不仅面临着家庭的压力，还面临工作中的重重困难。同时，一场运动钓鱼事故给其余员工带来了挑战。他们希望在不损害其奖金的前提下对渔夫的伤势进行治疗。《良医第3季》的剧情创新性强，本剧被网友调侃为“超有毒”的弹幕剧王，描绘了一副清晰可见的画面，剧中女主美而不自知，该剧在开头对原版小说进行了十分巧妙的改编，将原有的穿越题材，改写成了文学专业学生的小说创作。